Trung tâm Y tế huyện Can Lộc được thành lập theo Quyết định số 1465/QĐ-UBND ngày 11/5/2020 của UBND tỉnh Hà Tĩnh (Trên cơ sở tổ chức lại Bệnh viện đa khoa huyện Can Lộc trực thuộc Sở Y tế và Trung tâm Y tế dự phòng, Trung tâm dân số - Kế hoạch hóa gia đình trực thuộc UBND huyện Can Lộc)
Tổ chức Trung tâm Y tế huyện Can Lộc bao gồm:
+ Giám đốc và 03 Phó giám đốc;
+ Phòng chức năng: Có 05 phòng:
- Phòng Tổ chức - Hành chính;
- Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ;
- Phòng Tài chính - Kế toán;
- Phòng Điều dưỡng;
- Phòng Dân số và Truyền Thông.
+ Khối Dự phòng - Cận lâm sàng: Có 06 khoa:
- Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế;
- Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh;
- Khoa Kiểm soát Nhiễm khuẩn;
- Khoa Kiểm soát bệnh tật - HIV/AIDS;
- Khoa Y tế công cộng - Dinh dưỡng;
- Khoa Vệ sinh an toàn thực phẩm;
+ Khối lâm sàng: Có 08 khoa:
- Khoa Khám bệnh;
- Khoa Hồi sức cấp cứu;
- Khoa Nội tổng hợp;
- Khoa Nhi;
- Khoa Truyền nhiễm;
- Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;
- Khoa Phụ sản;
- Khoa Ngoại tổng hợp;
+ Trạm Y tế xã, thị trấn: Có 18 đơn vị:
- Trạm Y tế thị trấn Nghèn;
- Trạm Y tế thị trấn Đồng Lộc;
- Trạm Y tế xã Tùng Lộc;
- Trạm Y tế xã Thiên Lộc;
- Trạm Y tế xã Vượng Lộc;
- Trạm Y tế xã Xuân Lộc;
- Trạm Y tế xã Sơn Lộc;
- Trạm Y tế xã Phú Lộc;
- Trạm Y tế xã Khánh Vĩnh Yên;
- Trạm Y tế xã Trung Lộc;
- Trạm Y tế xã Thuần Thiện;
- Trạm Y tế xã Phúc Lộc;
- Trạm Y tế xã Thượng Lộc;
- Trạm Y tế xã Gia Hanh;
- Trạm Y tế xã Thanh Lộc;
- Trạm Y tế xã Thường Nga;
- Trạm Y tế xã Mỹ Lộc;
- Trạm Y tế xã Kim Song Trường.
